1911年6月7日，本来已经趋于平静的菲律宾独立起义忽然爆发开来，从吕宋岛的北段到棉兰老岛的南端，几十次武装袭击和大规模的城市骚乱在一夜间席卷了整个菲律宾群岛。从市郊的军营被偷袭到城市里的哨兵被暗杀，从亲美商人被当街斩首到港口设施遭到破坏，层出不穷的各种对抗方式，让美国驻军不仅疲于奔命且损失惨重。

在6月一个月，美国驻菲军队就阵亡了3000多名士兵和90多位中下级军官，各种军用物资的损失更是庞大。被如此多的武装起义弄的晕头转向的菲律宾总督和美国驻菲军事总指挥丹泽上校，不得不把分散驻扎的美**队集中到吕宋岛上的3个主要城市中，以避免被那些神出鬼没的游击队和当地仇视美军的本地人袭击。不过这样一来，虽然美军的伤亡大大的减少了，但是美军可以控制的区域也急剧缩减，到了7月中旬，整个吕宋岛除了马尼拉、拉瓦格和八打雁这3个主要港口和5个中型城市还控制在美军手中，其他的地区都先后被游击队所占领，一时间，菲律宾群岛上各种独立村、独立镇和独立市像雨后春苏一样冒了出来，他们打着各种旗号宣布了自己脱离美国控制，并实行各种政策的独立。

菲律宾群岛上独立起义四处爆发，台湾军队驻守的棉兰老岛、莱特岛、内格罗斯岛和宿务岛上也不能显得太平静。于是，在台湾守军和“菲律宾人”组织的联合策划下，2个台湾陆军占领的驻地被当地游击队夷为平地，台湾守军“伤亡”了300多人，3条贯穿棉兰老岛的主要公路和这几年陆续修建的多条辅助公路都发生了多起破坏活动，各处的港口中，针对台湾运输船的袭击也时有发生。

在这种情况下，台湾陆军部以伤亡巨大、补给困难为由，从莱特岛、宿务岛、撤回了全部驻军，分驻到内格罗斯岛和棉兰老岛上，以加强这两个主要岛屿的防御。

面对这一船一船运送回台湾的“阵亡士兵尸体”和大量“伤员”，美国的联络官们也不得不上报菲律宾总督，说台湾驻军这边也是四处遭袭，不得不收缩防守，不仅无力支援吕宋岛的美军，而且在菲律宾南方四岛上这几年取得的成绩能不能保住都已经成了问题。

菲律宾一时间乱成了这样，美国国内对于现任菲律宾总督福布斯和驻军司令丹泽上校非常不满，并于当月，从国内派遣了吉尔伯特接任总督并兼任驻菲美军司令。

新总督来到菲律宾时，吕宋岛上的美国占领城市，已经从3个下降成了2个，几天前，6000多名游击队围困了吕宋岛北部的重要城市塔布克，并且在第三天于皮努普克附近的沼泽中伏击了从拉瓦格赶来的2000多名美国援军，由于匆忙赶路和对地形不熟悉，这支被菲律宾当地向导故意引进沼泽地区的美国援军在遭到各式各样的陷阱和地雷折磨之后，完全丧失了抵抗的意志，被从沼泽地中冲出来的几千名游击队员和当地土著全歼在泥水中。

由于得不到补给，又迟迟没等来援兵，塔布克城中的几千名美军也只坚持了4天，就在城内居民的不配合和城外无穷无尽的没良心炮弹的轰炸下，败退出了塔布克城，并沿着道路向距离140多公里的另一处美军占领城市碧瑶市撤退。不过在撤退的途中，到处都是陷阱和地雷，全天都有冷枪和毒箭，140多公里的路程，这支撤退的美军足足走了2天半才走完，而最初撤退的4000多名美军官兵到了碧瑶市时，只剩下了1100多人，而且大部分都筋疲力尽且处于精神崩溃的边缘。

吉尔伯特总督面对如此糜烂的菲律宾局势也是束手无策，为了减少美军的无谓伤亡，只能再进一步收缩防御，他把所有不靠海港的城市全部放弃，把菲律宾还剩下的4万多美军全部收缩在吕宋岛上的7个海港城市附近，依托海上补给和舰炮的威力，才算勉强止住了菲律宾游击队的大规模进攻。